中西医结合基础学科于2009年获批国家中医药管理局重点学科。中西医结合基础学科依托于首都医科大学中西医结合学系，在学科带头人王宝恩，张淑文等老一辈中西医结合专家的带领下，在贾继东教授领导下对中西医结合进行了深入基础研究，培养了大批高质量人才。
2011年，本学科在北京市中医管理局支持下，成立了中西医结合研究所，通过明确研究方向、加强人才培养、促进学术交流和四个平台建设来促进中西医结合研究的发展。现在拥有2个国家中医药管理局三级实验室（最高级），2个北京市重点实验室，促进了中西医结合基础研究。2012年获批成为自主设置博士点，新增为博士后流动站，为进一步培养高水平的中西医结合人才奠定了基础。
目前本学科有教授(或相当技术职务者)17人，副教授(或相当技术职务者)22人，讲师33人，博士生导师15人，硕士生导师28人，拥有博士学位34人。
本学科的科学研究已凝练为三个突出的研究方向：1）抗肝纤维化有效中药的作用靶位及优化处方研究；2）深部真菌感染中西医结合治疗基础研究；3）MODS、重症胰腺炎脏器微循环障碍发生机制及中药干预基础研究。
近年来，完成了一项国家科技部863项目、三项国家“十一五”重大科技专项课题和两项“十二五”重大科技专项课题。其中对于多器官功能障碍综合征（MODS）中西医结合诊治，降低病死率的研究，其研究成果分别获得中国中西医结合学会科学技术二等奖及北京科学技术三等奖。在抗肝纤维化的研究中，研究出有效复方中药861阻断与逆转肝纤维化的部分细胞分子机制，并将该复方中药成功转让给上海和博医药科技有限公司在国内上市，为广大肝病患者带来了福音。
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| 第二届北京中西医结合国际研讨会召开 |
中西医结合启动会召开 |
近五年编写相关教材5部，研究制作的针对西医学生的中医理论教课课件得到首都医科大学校长基金资助并顺利完成。近五年2名全国名老中医师带徒老师，培养学生15名。10名北京中医125人才顺利完成学业。12名高级西医师正在参加国家西学中高级人才班培训。 毕业博士生21人，毕业硕士生43人。近五年本学科新增中西医结合病原生物学实验室及中西医结合细胞生物学实验室2个国家中医药管理局三级实验室。
本学科积极开展学术交流，与北京市中医管理局共同举办两届北京市中西医结合国际研讨会，两届中西医结合国际研讨会提升了本学科在全国乃至全世界范围内的学术影响力。在国内学术交流方面，本学科每年均开设4-6个关于中西医结合治疗重症感染、中西医结合儿科疾病新进展、中西医结合治疗抑郁症新进展等国家级学术研讨会。
本学科将充分利用“十三五”发展契机，充分体现自身特色，实现学科整体水平的提高和优势研究方向高水平的学术发展。培养高水平的学科带头人和研究团队，形成方向稳定、结构合理、整体实力雄厚、能支撑学科和学科点长远发展的人才队伍。立足前沿、全面创新。努力创建国内一流的高水平学科。实验室能够支撑国家重大课题的研究。基础研究能代表国家中西医结合防治领域的水平，达到博士学位授权学科和重点学科要求。
