十余年来，呼吸病学系在学科建设上取得了一系列令人瞩目的成就：2007年被教育部认定为国家重点学科；2010年11月被北京市科委和教委认定为北京市呼吸和肺循环重点实验室；2013年1月，学系牵头单位附属北京朝阳医院获批呼吸内科国家临床重点专科建设项目。十余年来，呼吸病学系获得国家科技进步一等奖1项（排名第二），国家科技进步二等奖3项，其他省部级奖励近20项，国家发明专利2项，实用新型专利5项。发表SCI收录论文逾百篇，其中关于新型甲型H1N1流感临床特征的研究发表于国际医学界最为权威的杂志《新英格兰医学杂志》上。　　
   在团队建设方面，呼吸病学系拥有中国工程院院士1人，新世纪“百千万”人才工程国家级人才1人、北京市级人才1人，教育部新世纪优秀人才1人，北京市卫计委215工程领军人才1人、学科带头人4人、学科骨干2人，北京市科技新星8人，北京市教学名师1人，北京市教委创新团队1个。呼吸病学系已形成了以学系主任王辰院士为学科带头人、包括北京市海聚工程引进人才蒋典华教授在内的以中青年学术骨干为主的有较高科学素养的学术队伍。
　　学系设立了呼吸病学领域的15个专业组，包括：肺栓塞与肺血管病、呼吸衰竭与呼吸危重症、感染及临床微生物、烟草或健康、慢性阻塞性肺疾病、临床呼吸生理、呼吸系肿瘤、睡眠呼吸障碍与呼吸控制异常、支气管哮喘与呼吸变应性疾病、肺间质病与纵隔及胸膜疾病、胸外科与肺移植、呼吸治疗与康复、呼吸护理、呼吸基础与应用基础、呼吸介入治疗。每组设有专门人员和梯队在各个亚专业领域进行深入研究，实行专业组组长负责制。在此基础上，根据国家疾病防控的总体需求以及当前呼吸学科的热点难点问题，结合学系自身的历史沿革和研究特色，凝炼了五个主要研究方向：呼吸衰竭与呼吸支持技术、肺栓塞与肺血管疾病、新发呼吸道传染病、慢性阻塞性肺疾病、烟草病学。
　　近五年来，学系共发表学术论文500余篇，SCI收录论文102篇，总影响因子逾305。关于新型甲型H1N1流感临床特征的研究发表于国际医学界最为权威的杂志《新英格兰医学杂志》上；关于慢阻肺、肺栓塞、甲型流感的研究发表于《美国呼吸与危重症医学杂志》、《胸科》、《欧洲呼吸杂志》、《内科学年鉴》等国际著名学术刊物上。这些论文的发表标志着呼吸学科的研究工作正在迈向国际先进行列。五年来，学系主编、编写、翻译了学术著作、规划教材30余部。
　　五年来，学系举办了全国性、省市级的学术会议50余次，邀请国内外著名专家到学系进行学术交流和讲座30余次。 本学系人员在国际会议上做特邀报告、大会发言40余人次。
　　“十三五”期间， 呼吸病学系将以创建国际一流学科为根本，强化国家生命科学与技术人才培养基地的职能，迅速提高呼吸病学系的科研创新能力；坚定地实施人才培育战略，努力造就结构合理、具有国际竞争力的研究团队；加强对学科的规范化与创新性管理，形成学科发展的良好运营机制；坚定地推进先进的学科文化建设，为学科的长远发展注入核心竞争力。进一步巩固呼吸病学系在国内的优势地位、提升学系在国际的知名度，使呼吸病学系成为我国呼吸与危重症医学科发展的“思想源”及“动力源”，并代表国家与国际同类学科竞争。