首都医科大学眼科学院成立于2003年11月，依托于眼科学—国家重点学科，是教育部国家生命科学与技术人才培养基地承担单位，是目前国内首家眼科学与视觉科学专科教育学院。眼科学院由附属北京同仁医院眼科中心联合学校各附属医院眼科机构共同组成，成立了以各眼科机构行政领导为主要成员的“院务委员会”，聘请了国内、外著名的眼科专家组成学院的“学术委员会”。采用联合办学的模式，整合了各部门的资源，建立了临床科研平台和基础科研平台。目的在于培养眼科和视觉科学领域临床医疗和研究复合型高级人才，以及临床与基础交叉领域应用型人才，促进学科发展，将学院建成面向全国的医疗、科研、教育及新技术开发等领域的高级专业人才培养基地。

　　2007年，经过五年重点学科建设阶段的眼科学院顺利通过教育部重点学科评估考核，顺利进入新一轮的重点学科名列。同时，“眼科学与视觉科学实验室”正式挂牌，并通过了北京市教委和北京市科委的联合评估，成为北京市重点实验室。眼科学院将重点学科建设和重点实验室建设当作两项首要任务，制定了中长期建设规划，将临床医疗、科研、和新技术开发结合起来，以科研项目带动学位教育和高级人才培养，加强条件平台建设奠定学科基础，遵循开放共享的原则发挥学科资源的最大效益。

　　眼科学院抓住机遇，与时俱进，整合资源，及时调整方向，确立了以“临床需求为导向、以科研为驱动、学术引领”的建设原则，增强了转化医学的研究方向，并在国内首次以医疗机构为依托单位的“国家眼科诊断与治疗技术工程研究中心”；同时以眼科中心为依托单位，建立了国家创新药物评估中心，成为第一批国家级新药研发的GCP平台；在国家残疾人联合会的支持下，建立了“国家视觉障碍资源中心”，这些平台的建设，代表了本学科已经进入国家创新技术体系的领军地位，为本学科将研究成果转化奠定了国家级条件平台。
　　学院凝练了五个重点研究方向：（1）原发性闭角型青光眼的临床防治研究；（2）视功能损伤的视网膜病变机制研究；（3）角膜移植免疫排斥反应防治相关的基础及应用研究；（4）眼病的流行病学研究；（5）眼感染性疾病的诊治研究。确立了各个领域内的学科带头人和学术骨干，并拟定了后续梯队人才的培养计划。
　　眼科学院主要承担着首都医科大学临床医学五年制、七年制硕士阶段、硕士和博士研究生的教育，共计5门课程，112学时。近五年，以眼科学院为主编单位的教材共计7部，涵盖了五年制本科教育，七年、八年制研究生教育以及专科医师培养各个层面。获得了教育部国家级精品课程和国家级优秀教学团队各 1 项，首都医科大学优秀教学团队、优秀博士学位论文一等奖等多项教学成果。并开展了特色教育项目—高级研修班，主要目的是培养学科带头人和学术骨干。在重点学科建设的带动下，学院已经成为覆盖周边区域的人才培养基地。目前共有博士研究生导师15人；硕士研究生导师32人，博士后导师6人。共培养博士研究生72名，硕士研究生128名，博士后3名；目前在读博士研究生19人，硕士研究生84人，博士后3人。除此之外，学院还承担北京市眼科专科医师培训基地，5年共举办国家继续教育培训班33期，接受培训人员共821人。近五年，眼科学院进一步在青年人才培养增加投入，支持多名青年医生出国进修。每年派遣学术骨干和科研人员参加国际学术交流大会，平均30余人次/年，包括美国眼科与视觉科学年会（ARVO），美国眼科学会年会（AAO），亚太地区眼科学会年会（APAO）、世界眼科大会（WOC）等各项大型学术会议。每年邀请国际眼科专家来访20余人次。进行学术报告演讲的同时开展深入交流和讨论，开拓青年人才的视野和思路。

　　眼科学院科学研究各个领域都取得了快速发展，陆续建设了国家级大型科研平台。目前用于基础科学研究的集中用房面积约为2380m²，拥有大型设备（10万元以上）142件，具备国际一流的眼科科学研究平台条件。近5年共承担科研课题180项，课题经费达16225.07万元，其中“十二五”国家科技支撑计划项目、973专项、国家自然科学基金重点项目等国家级课题65项，省部级科研课75项，相关研究成果获得国家科学技术进步二等奖2项、省部级奖励3项。近五年间出版专著26部，授权发明专利8项，发表文章1016篇，SCI收录论文329篇，SCI文章总影响因子达到870.777，单篇最高影响因子超过35，体现了在科研创新能力和学科发展带头作用方面的优势和领先地位。
　　学院顺应国家医疗体制改革，不断创新医疗服务模式，极大地提高了眼科的临床服务能力，扩大了社会影响力。此外，本学科承担着国际防盲合作和国内防盲指导工作，已经建立了白内障小切口人工晶体植入培训基地华北地区的“视觉第一中国行动”培训基地，共举办培训班20余次，培训学员800余名，先后七次奔赴少数民族聚居的偏远地区，实施手术一万余例，培训当地医务人员五百余名，实施或参与实施“青藏高原光明行”、“卫生部健康快车”、“视觉第一中国行动国家医疗队”等，平均每年完成公益性白内障复明手术万余例。在外交部和卫生部的直接指挥下，每年派出医疗队赴周边国家和非洲多个国家开展扶贫公益性白内障复明手术，提高了学科的国际影响力。
　　学院注重学术交流平台的建设，目前拥有《眼科》、《国际眼科纵览》、《中华眼科医学杂志（电子版）》3部学术期刊，奠定了学科交流的基础。学院每年举办、承办多项学术会议：首都医科大学眼科学院学术年会已经形成品牌效应，每年吸引500余人次参会，已经在中国北方地区形成了深远的影响力；北京医学会眼科学分会学术年会，每年约有400人参会，是北京地区最有影响力的学术年会之一。承办了多次国际眼科会议，包括第三届国际低视力康复论坛、亚太眼科协会（APAO）年会、亚非眼科协会（AACO）年会、中日韩眼科年会等，邀请了国际著名眼科及视觉科学领域的知名专家进行讲座报告。
　　经过建设与发展，眼科学院已经奠定了雄厚的学科基础，巩固了本学科在国内的一流学术地位，已经形成了国内规模最大、三级学科门类最全、医疗服务覆盖面最广的学科，形成了“医疗、教学、研究、开发、防盲”等综合实力一流的学科，已经具备了承担国家级攻关项目的实力。在不断的积累和拓展中，眼科学院的目标是建设成为国际一流的优势学科。