首都医科大学临床病理学系是学校建立的基础和临床病理学科资源整合机构和功能平台。2007年学校为了推动病理学科的建设与发展，组建了由基础医学院病理学系中心病理室、附属北京佑安医院临床病理室共同组成的首都医科大学临床病理中心，经过了几年的工作，初步完成了在校教师的病理科轮转。2014年根据学校临床学科建设的需要，学校决定重新组建临床病理中心。经过建设，2018年上半年，临床病理中心完成换届调整工作，并更名为临床病理学系。重新组建的临床病理学系是以学校病理学系（包括基础医学院病理学基础教研室和宣武医院病理科临床教研室）为核心，联合附属北京友谊医院、附属北京同仁医院、附属北京朝阳医院、附属北京安贞医院、附属北京天坛医院、附属北京世纪坛医院、附属复兴医院、附属北京儿童医院、附属北京佑安医院、附属北京妇产医院、附属北京胸科医院、附属北京地坛医院、附属北京中医医院、三博脑科医院、附属北京潞河医院、中日友好医院、丰台教学医院、电力教学医院、石景山教学医院、大兴教学医院、平谷教学医院、良乡教学医院、怀柔教学医院、昌平教学医院、顺义教学医院和延庆教学医院共28家医疗机构的病理科和基础的病理学系共29个单位组成。其中三级甲等医院11家，三级医院11家，二级医院6家。目前临床病理学系有医师（教师）224人，其中博士生导师5人，硕士生导师12人，教授7人，副教授8人，主任医师32人，副主任医师43人，主治医师72人，技术人员174人，副主任技师6人。学系常务副主任刘红刚教授，学系挂靠单位为附属北京同仁医院。

　　首都医科大学临床病理学系全面整合了学校范围内本学科资源，其功能任务是弥合学科功能，整合学科资源，建立学科建设发展平台，在医疗、教学、科研及人才培养方面发挥集团优势。

　　整合后的临床病理学系年病理诊断及全国疑难病会诊可达近60万例，中心内各医院病理科又各具特色，宣武医院、神经外科研究所及三博脑科的神经病理、友谊医院的淋巴瘤病理、同仁医院的眼耳鼻喉病理、朝阳医院的呼吸。消化病理、安贞医院的心血管病理、佑安医院及地天医院的传染病病理等在国内本专业占有领先地位，某些方面在国际上也有一定的影响力。

　　学系内大部分医院承担了学校本科及研究生的教学任务，基础-临床教师联合授课已成为本学科的教学特色，同时基础-临床教师还共同完成了教材的建设，目前已正式出版教材2部，其中《临床病理学》被评为“十一五”国家级规划教材。中心拥有博士和硕士培养点，招收病理学及临床病理学科学及专业学位研究生，其中临床病理学博士和硕士专业学位是我国医学院校中首个获得该专业学位授予权的单位。同时宣武、附属友谊、安贞、朝阳、同仁及世纪坛医院是北京市临床病理学住院医师培训基地，每年承担多项国家及北京市继续教育任务。

　　学系及各医院有一定的科研基础，承担多项国家级、省部级及其他各层次科研项目，近5年申请各类科研基金项目近100项，其中国家级及省部级项目43项。近5年发表科研文章300多篇，其中SCI收录论文110篇。基础病理学科2012年获批北京市重点学科，附属同仁医院病理科获批2014年头颈部肿瘤分子诊断重点实验室。
  临床病理学系的建设发展目标是在学科资源整合基础上，提高病理学科的医疗服务、人才培养和科学研究的学术水平。坚持“学术追求、学术引领、学术民主”的原则，全面推进病理学科建设，不断提升临床病理学科的医教研整体水平，在新的历史时期为病理学科的发展和创新型人才的培养做出更多的贡献。