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医学教育研究所成立于1993年，其前身是医学教育研究室，建于1981年，隶属于教务处，室主任由一名教务处副处长兼任。
该研究所为处级单位，直属学校领导。所负责人：陈嬿，研究员，现有编制4人，其中研究员1人（返聘），教授1人，医学博士1人，资料员1人，另有一名退休研究员参与课题研究与咨询工作。
研究方向：高等医学教育改革发展。
现在主要研究课题：
1、校长研究基金重点课题：2010年前学校教育规模的研究。
2、北京医学教育协会课题：吴阶平医学教育思想研究。
近几年来研究所承担的重点课题研究情况： |
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医学教育研究所是在校长领导下，对学校的教育教学改革与发展进行研究的研究机构，其主要任务与职责如下：
一、承担学校及上级主管部门下达的课题研究任务。
二、根据教育部和市教委及有关学术研究机构提供的高等教育研究方向与重点，结合本地区、本学校实际情况申报或选定研究课题。
三、根据本校教学改革及教学管理工作实际需要，选择课题进行研究。
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由中国协和医科大学、北京大学医学部、首都医科大学以及北京医学教育协会共同参与的研究课题“吴阶平医学教育思想研究”，于2006年11月被评审通过为“中国高等教育协会‘十一五’教育科学研究规划课题”。我校承担第三子课题：吴阶平的办学及医学教育改革思想与实践。
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高等教育：
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北京高等教育
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北京教育
比较教育研究
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