14所临床医学院强化医院建设、学科建设、行风建设，形成了各自的学科优势和服务特点，成为北京地区医疗卫生服务的重要力量，无论是在与SARS斗争的关键时刻，还是在医疗卫生服务的日常工作中，都发挥了重要作用，为北京乃至全国提供了高水平的优质服务，受到了社会的肯定。学校加大了燕京医学院的建设力度，面向基层、面向农村、面向社区培养卫生人才。三年中，先后与密云、大兴、平谷区（县）政府签署协议，建立了以3个区（县）医院为中心，辐射京东、京北、京南农村乡镇医院的医学人才培养临床教学基地。组建了老教师支教团，支持燕京医学院与3个临床教学基地的教学工作。学校还承担着首都卫生管理与政策研究基地工作，每年承担重要的课题研究与咨询，为北京市卫生政策的制定提供参考意见。在我校承担国家卫生部全科医学培训中心的基础上，2006年北京市全科医学培训中心也在我校设立，为北京乃至全国全科医学培训工作做出了很大的成绩。学校还是北京市卫生干部研修学院所在地，三年来为完成了大量的卫生干部培训工作。