为了加快医学教育改革和学科创新，加强学科建设和发展，在国家教育部和国家发改委设在首都医科大学国家生命科学与技术人才培养基地的基础上，学校提出了整合各临床学院学科优势，以专科学院和专科学系的组建形式构建学科发展平台的目标。2006年7月正式成立了首都医科大学血液病学系。2012年7月血液病学系进行了换届选举。目前学系主任由陈文明教授担任。

　　血液病学系由最初的13家医院血液科组成，增加到目前18家医院血液科，其中包括附属北京朝阳医院、宣武医院、附属北京友谊医院、附属北京同仁医院、附属北京天坛医院、附属复兴医院、附属北京儿童医院、附属北京世纪坛医院、丰台教学医院、电力教学医院、潞河教学医院、平谷教学医院、怀柔教学医院和中日友好医院、北京积水潭医院、卫生部北京医院、北京大学首钢医院、北京市第六医院。

　　血液病学系现有临床医师190人，其中主任医师（教授）46人，副主任医师（副教授）42人；博士34人，硕士97人；博士生导师5人（其中儿科血液病2人），硕士生导师19人；13人在国家级及省级专业委员会担任委员等职务。共设有普通病床518张，骨髓移植病床47张。主要研究重点是：1）多发性骨髓瘤的基础与临床研究；2）异基因造血干细胞移植及移植物抗宿主病的防治；3）儿科血液病基础与临床研究；4）骨髓增殖性疾病(骨髓增生异常综征)MPD/MDS研究；5）出、凝血性疾病的基础与临床研究；6）恶性淋巴瘤的诊断与治疗等。

　　近五年来，血液病学系共发表论文700余篇，其中SCI收录20余篇，出版各类专著/教材10余部；近五年来，学系承担了国家973、国家自然科学基金、北京市自然基金等局级以上科研项目20余项，累计科研经费600余万元；多次举办血液病学习班/研讨会；成立了中国多发性骨髓瘤工作组。

　　学系一直致力于培养血液病学专科医师、血液病学硕士和博士研究生，每年录取博士研究生、硕士研究生、七年制学生20余名，开设了血液病学、流式细胞术等研究生课程；五年来，先后培养研究生近百名；每季度定期举行疑难病例讨论与学习，每年均举办学系学术交流活动。
    “十三五”期间，血液病学系将继续致力于血液病的诊治与研究，继续致力于青年医师的培养，临床、科研、教学三条线全面发展与进步，根据既往临床、科研基础之上，突出特色，发挥特长，以点带面，最终将血液病学系建设为国内一流的血液病治疗中心、血液病研究中心、血液病高等专科人才培训中心。