首都医科大学档案馆于2010年9月独立建制，由学校直属管理。学校档案工作从1960年建校开始隶属校长办公室，办公室有专人负责全院的文书档案工作。1983年建立科技档案，1987年成立档案科，由校长分管。

　　档案馆是学校档案的安全保管基地、学校事业发展的信息服务平台、校史教育和宣传的重要基地。主要负责对不同载体档案的接收、整理、鉴定、统计、保管、保护、开放和利用等工作，指导、监督和检查各部门立卷工作，组织实施档案信息化建设和电子文件归档工作，制定学校档案相关制度并贯彻实施以及开展档案工作人员业务交流与培训等工作。

　　档案馆办公地点设在图书馆配楼，建筑面积720平方米。截止2011年底，档案馆共有6个全宗，包括党政、教学、科研、基建、外事、出版物、财会、声像、设备、实物等十大类档案共54196卷。

　　1997年通过科技事业单位市级先进达标验收，2001年通过科技事业单位国家二级验收，相继荣获2000-2001年度、2004-2005年度北京市档案系统先进集体称号。